Cofactor bringt Immuntherapie-Vorhersagetest mit Daten von Intermountain Spinout schnell auf den Markt

NEW YORK – Nachdem Cofactor Genomics Anfang dieser Woche eine Zusammenarbeit mit dem Spinout Culmination Bio von Intermountain Health angekündigt hat, geht es „aggressiv“ voran, um seinen OncoPrism-Test voranzutreiben, mit dem vorhergesagt werden kann, ob Patienten mit einer Reihe von Krebsarten wahrscheinlich von einer Immuntherapie profitieren werden.

Cofactor mit Sitz in San Francisco hat OncoPrism, einen auf RNA-Sequenzierung basierenden T-Zell-Subtypisierungs- und Immunzellen-Quantifizierungstest, im Rahmen der PREDAPT-Studie anhand nicht identifizierter Tumorproben und abgeglichener klinischer Daten validiert. Laut Jarret Glasscock, CEO von Cofactor, besteht das Ziel darin, OncoPrism als Instrument zur Identifizierung der Patienten zu vermarkten, die am wahrscheinlichsten auf PD-1/L1-Checkpoint-Inhibitoren wie Keytruda (Pembrolizumab) von Merck oder Opdivo (Nivolumab) von Bristol Myers Squibb ansprechen.

Die prospektive Beobachtungsstudie hat eine Zielrekrutierung von 1.650 Patienten mit 11 Krebsarten. Aber die neue Culmination-Partnerschaft sei auch von entscheidender Bedeutung für die Validierung des Tests, sagte Glasscock, da sie Cofactor den Zugriff auf eine Datenbank mit 4,5 Millionen Patientenproben ermögliche, die jeweils mit Daten zu klinischen Längsschnittergebnissen sowie Gesamtgenom-, Transkriptom-, Exomsequenzierungs- und Proteomikdaten abgeglichen seien. und andere Omics-Analysen.

Diesen Datenschatz, den Culmination seine „Culmination Intelligence Platform“ nennt, bietet es Partnern wie Cofactor an. Obwohl die prospektive Validierung von OncoPrism unter Verwendung von in PREDAPT gesammelten Proben von entscheidender Bedeutung ist, um seine Vorhersageleistung bei mehreren Krebsarten zu demonstrieren, bieten die Daten von Culmination Cofactor laut Glasscock erhebliche Vorteile, nicht nur hinsichtlich der schieren Anzahl der Patientenproben im Repository, sondern auch hinsichtlich der Zeit.

„Wir müssen die Patientenergebnisse dieser Immuntherapie-Behandlungen kennen [um OncoPrism zu validieren]. Mit den prospektiven Daten, die im Rahmen von PREDAPT gesammelt werden, müssen wir Monate warten, bis die Ergebnisse vollständig vorliegen“, sagte Glasscock. „Bei prospektiven Studien warten wir darauf, dass die Patienten antworten, und der Wert von Culmination Bio besteht darin, dass sie über diese Patientenproben und die hochwertigen Patientendaten verfügen, die bereits gesammelt und gespeichert sind. Dadurch können wir viel schneller vorankommen.“ unsere Bemühungen."

Der OncoPrism-Test von Cofactor ist im Wesentlichen eine Plattform zur Immunprofilierung, wie Glasscock es beschrieb. „Wir betrachten die aussagekräftigsten Genexpressionssignaturen, die den Immunzelltypen und Immunzellzuständen zugeordnet werden können und die am ehesten Vorhersagen über mögliche Responder und Non-Responder auf eine Immuntherapie ermöglichen“, sagte er und erklärte, dass die OncoPrism-Plattform im Wesentlichen eine Messung liefert dieser mehreren Analyten. „Die klinischen Daten kommen ins Spiel, wenn wir das Modell trainieren, um uns zu sagen: ‚Wie sieht ein Profil für Responder bei Lungenkrebs aus? Wie sieht ein Non-Responder-Profil aus?‘“

Während die OncoPrism-Plattform bereits aufgebaut ist, werden die Millionen verknüpfter klinischer Daten in der Culmination Intelligence Platform Cofactor dabei helfen, seinen Test zu trainieren, um das Ansprechen einer Immuntherapie bei verschiedenen Krebsarten vorherzusagen, und zwar viel schneller.

Bisher hat Cofactor den größten Fortschritt bei der Validierung von OncoPrism für die Vorhersage gemacht, welche Patienten mit Kopf- und Halskrebs von einer Immuntherapie profitieren werden, was Glasscock als „Randsteinindikation“ des Unternehmens bezeichnete. Im September 2022 legte das Unternehmen Daten vor, die belegen, dass OncoPrism den Anti-PD-1-Vorteil bei Patienten mit Kopf- und Halskrebs genauer vorhersagte als die auf Immunhistochemie basierende PD-L1-Expression, die viele Onkologen als „schlechten Biomarker“ für die Identifizierung des besten Ansprechens auf eine Immuntherapie betrachten . In dieser Studie zeigte OncoPrism eine Genauigkeit von 75 Prozent bei der Vorhersage von Immun-Checkpoint-Inhibitor-Respondern, während PD-L1-Immunhistochemietests eine Genauigkeit von 42 Prozent aufwiesen.

Mit dieser Datenauslesung ist Cofactor „bei Kopf- und Halskrebs auf einem guten Weg“ und strebt laut Glasscock die Kommerzialisierung von OncoPrism in diesem Umfeld als im Labor entwickelter Test in „sehr naher Zukunft“ an, so Glasscock. Er fügte hinzu, dass das Unternehmen bereits mit Ärzten im ganzen Land zusammenarbeite, um sich auf die kommerzielle Markteinführung in der Behandlung von Kopf- und Halskrebs im Laufe dieses Jahres vorzubereiten und kurz darauf den Bereich Lungenkrebs im Auge zu behalten.

„Wir nähern uns der Ziellinie, aber ich bin auch äußerst gespannt auf die nächsten neun Krebsindikationen und darauf, wie die Daten von Culmination die Zeitpläne für diese wirklich beschleunigen werden“, sagte er und betonte, dass Cofactor besonders Wert auf die Tiefe und Qualität der Daten legt Punkte, die Partner im Repository von Culmination Bio abfragen können, wenn sie versuchen, Populationen von Interesse zu identifizieren.

Das Spinout Intermountain Health – das im Juni 2022 als Unternehmen gegründet und im März 2023 öffentlich eingeführt wurde – präsentiert seine Culmination Intelligence Platform als Suchmaschine für den Aufbau von Kohorten für Präzisionsmedizin. Den Informationen auf der Website zufolge können Partner das Datenarchiv anhand von Faktoren wie Alter, Geschlecht, Rasse, Krebsart, Biomarker-Status und ICD-Codes abfragen und sich auf die Patientenkohorte konzentrieren, die sie untersuchen möchten.

„Culmination Bio wurde entwickelt, um den Erfolg der Präzisionsmedizinbemühungen von Intermountain durch die Erstellung multimodaler Längsschnittdatensätze auszubauen“, sagte Lincoln Nadauld, CEO von Culmination, in einer Erklärung im März, in der er die Gründung des Unternehmens ankündigte. „Unsere Partnerschaft mit Intermountain Health hat es uns ermöglicht, eine Plattform aufzubauen, die die Art und Weise revolutionieren wird, wie wir neuartige klinische Erkenntnisse zum Nutzen der Patienten identifizieren und umsetzen.“

Culmination Bio, das keine anderen Partnerschaften als die mit Cofactor veröffentlicht hat, lehnte ein Interview für diesen Artikel ab. Daher sind keine Einzelheiten über die Vielfalt und geografische Darstellung der Datenbank bekannt. Intermountain Health betreibt 33 Krankenhäuser hauptsächlich in Utah, Idaho und Nevada, verfügt aber auch über angeschlossene Standorte in anderen Gebieten.

„Ich weiß, dass [Intermountain] diese Datenbank seit Jahrzehnten aufbaut und dass es sich dabei um eine reichhaltige Sammlung von Proben handelt, die sie in ihren eigenen vier Wänden verwenden“, sagte Glasscock. „Diese kommerzielle Einführung von Culmination Bio ist ein Versuch, diese reichhaltige Ressource außerhalb ihrer vier Wände zu nutzen.“